Nature子刊:赵方庆团队提出环状RNA定量和可变剪接体转换识别的新方法_
环状RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的非编码RNA分子。已有文献表明,在生物体内,环状RNA有着miRNA海绵,RBP海绵以及翻译短肽等多项功能,在许多生物学过程中发挥着重要的作用。
目前研究表明,大部分环状RNA来源于蛋白编码基因的外显子区域。在pre-mRNA剪接的过程中,除典型的内含子剪接事件外,还可能会发生5’端到3’端的反向剪接事件,从而形成环状RNA。因此,剪接产物中环状RNA所占比例是环状RNA分析的重要指标之一,具有高成环比例的环状RNA分子,可能具有更加重要的生物学功能。同时,同一基因内部也可能产生多种不同的环状RNA,基因内对环状RNA产生位点的使用偏好,也在一定程度上反应了转录过程对环状RNA产生的调控。因此,环状RNA转录本水平的准确定量,是目前环状RNA分析的重要基础。
2020年1月3日,中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在 Nature Communications 杂志上发表题为:
Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events的研究论文。
图1. CIRIquant算法流程
接着,研究团队还通过统计模型,对环状RNA建库过程中常用的RNase R处理效率进行了拟合和校正,从而在RNase R处理后的样本中,消除了RNase R处理步骤引入的偏差,取得了更准确的定量结果。在此基础上,该团队还对环状RNA的差异表达计算方法进行了改进,提出了新的评估表达水平和剪接倾向变化程度的打分方法。
利用上述方法,研究人员在三个剪接因子敲低的HeLa细胞和20对肝癌-癌旁样本中,发现了两类线性-环形比例和成环位点使用偏好发生变化的环状RNA。这两类环状RNA在成环比例以及基因内成环位点使用水平上具有非常显著的改变,反映了环状RNA转录过程以及转录后水平调控情况的变化。此外,在阿尔兹海默症以及肾细胞癌的样本中,研究人员也发现了这两类事件的广泛存在,说明这两类环状RNA可能拥有更加重要的生物学功能。
图2. 肝癌中线性和环形转录本差异及竞争性调控返回搜狐,查看更多
责任编辑:
- 上一篇:【让人“失望”,也是一种做人的智慧!】
- 下一篇:_简单几步 轻松寿司做
您可能感兴趣
警惕!80%的孩子感冒后都出现这种病症,父母别不放在心上!_
原标题:警惕!80%的孩子感冒后都出现这种病症,父母别不放在心上!前两天小编坐车回家的时候,刚好旁边坐了一对母子,小孩儿看上去两岁的...
【【2020思想力夏令营 · 海军陆战队】划艇激战+武装泅渡+抢救伤员+
原标题:【2020思想力夏令营·海军陆战队】划艇激战+武装泅渡+抢救伤员+真人CS+情绪为王,让孩子尽情玩、尽情体验海军的魅力!3、强力品牌...
白萝卜和此物一起炖,百吃不腻,滋补暖胃,排出毒素,胜过止咳药|
原标题:白萝卜和此物一起炖,百吃不腻,滋补暖胃,排出毒素,胜过止咳药今天分享一种白萝卜最健康吃法——白萝卜木耳汤。里面还可以搭配一...